แต่ครั้นถึงปี ค.ศ. 1537 โศกนาฏกรรมหลายต่อหลายอย่างได้ซัด      กระหน่ำชีวิตและครอบครัวของนอสตราดามุส คือปีนั้นกาฬโรคระบาดเข้ามาในเมืองอากัง และในที่สุด ได้คร่าเอาชีวิตภรรยาและลูกทั้งสองคนของนอสตราดามุสไปด้วย ทั้งๆ ที่เขาได้พยายามอย่างสุดความสามารถ แต่ก็ไม่อาจช่วยชีวิตภรรยาและลูกทั้งสองคนของเขาได้

            เมื่อการณ์กลับปรากฏเป็นเช่นนี้  เกียรติภูมิของนอสตราดามุสในฐานะที่เป็นแพทย์ผู้สามารถในการรักษากาฬโรคได้ถูกทำลายลงไปอย่างสิ้นเชิง   เมื่อประชาชนทราบว่าเขาไม่สามารถช่วยชีวิตแม้แต่คนในครอบครัวของตัวเองได้

            ยิ่งไปกว่านั้น ในระยะต่อมาเขาเกิดแตกคอกับนายชาลิแจร์ จนถึงขั้นตัดความสัมพันธ์ฉันมิตรระหว่างกันในที่สุด  ซึ่งที่จริงผู้ที่ก่อเรื่องไม่ใช่ฝ่ายนอสตราดามุส  แต่เรื่องเกิดขึ้นเพราะชาลิแจร์เป็นผู้ก่อ ชาลิแจร์ไม่เพียงแต่ก่อเรื่องทะเลาะเบาะแว้งกับนอสตราดามุสเท่านั้น   แต่ยังเที่ยวหาเรื่องกับเพื่อนฝูงทุกคนของเขาด้วย

            อย่างไรก็ตาม  แม้ว่าความเป็นเพื่อนระหว่างนอสตราดามุสกับชาลิแจร์จะสิ้นสุดลงไปแล้ว แต่นอสตราดามุสไม่เคยกล่าวให้ร้ายป้ายสีชาลิแจร์เลย ในหนังสือ Traite des fardemens นอสตราดามุสยังคงเขียนสรรเสริญ เยินยอเกียรติคุณของชาลิแจร์  ไว้ว่า “เป็นผู้สืบทอดวิญญาณของ ซิเซโรทางด้านวาทศิลป์  เป็นผู้สืบทอดวิญญาณของเวอร์จิลทางด้านการประพันธ์ และเป็นผู้สืบทอดวิญญาณของกาลังทางด้านการแพทย์ ข้าพเจ้าเป็นหนี้บุญคุณชาลิแจร์ ยิ่งกว่าบุคคลอื่นใดในโลก”

            จะเห็นได้ว่า ข้อความที่ยกมานี้เป็นการยกย่องสดุดีความสามารถทางด้านต่างๆของชาลิแจร์ นอสตราดามุสไม่ได้เอ่ยถึงความเลวของเพื่อน นักปรัชญาผู้นี้แม้แต่น้อยนิด

            เคราะห์กรรมของนอสตราดามุสยังไม่หมดแต่เพียงเท่านี้ เพราะปรากฏว่าเขาถูกพ่อตาแม่ยายฟ้องร้องทางศาลเพื่อเรียกสินสอดทองหมั้น   ที่ฝ่ายพ่อตาแม่ยายจ่ายให้เขาตอนแต่งงานกับลูกสาวคืน  ซึ่งนี่ก็แสดงว่าในประเทศฝรั่งเศสสมัยนั้นเมื่อชายหญิงแต่งงานกัน  ฝ่ายหญิงจะเป็นผู้จ่ายสินสอดให้แก่ฝ่ายชายเหมือนอย่างที่ประเทศอินเดีย

            นอกจากนั้นในปี ค.ศ. 1538 นอสตราดามุสถูกกล่าวหาว่าทำตัวเป็นปฏิปักษ์ต่อศาสนจักรคาทอลิก  โดยระบุว่าครั้งหนึ่งเมื่อหลายปีก่อนหน้านี้เขาเคยกล่าวลบหลู่ดูหมิ่นศาสนจักรนิกายคาทอลิกอะไรบางอย่างเอาไว้ คนที่ได้ยินคำพูดของเขาจึงได้รายงานถึงเจ้าหน้าที่ของฝ่ายศาสนจักร

            แต่เรื่องของเรื่องมีอยู่ว่า วันหนึ่งนอสตราดามุสเดินไปพบช่างคนหนึ่งกำลังหล่อรูปของพระแม่มารีอยู่  เขาเกิดคะนองปากพูดวิจารณ์ไปว่ารูปพระแม่มารีที่ช่างกำลังหล่ออยู่นั้นมีลักษณะเหมือนกับรูปของปีศาจ

            เมื่อเกิดเรื่องราวขึ้นมาเช่นนี้ ทางฝ่ายนอสตราดามุสได้อุทธรณ์ไปว่า                 ที่เขาพูดเช่นนั้นไม่ได้จงใจที่จะลบหลู่ดูหมิ่นสิ่งเคารพของชาวคริสเตียน          เป็นเพียงแต่กล่าววิจารณ์ว่า  พระรูปของแม่พระมารีไม่งดงามในเชิงสุนทรียศาสตร์เท่านั้นเอง อย่างไรก็ตาม ทางคณะกรรมการสอบสวนของฝ่ายศาสนจักรคาทอลิก ไม่เชื่อในคำอุทธรณ์นี้ และได้ส่งเจ้าหน้าที่ไปที่เมืองอากัง เพื่อทำการจับกุมนอสตราดามุสนำมาลงโทษที่เมืองตูลูส

            นอสตราดามุสตระหนักเป็นอย่างดีว่า หากเขายอมให้เจ้าหน้าที่ฝ่ายศาสนจักรจับกุม  ก็มีหวังจะต้องถูกนำตัวขึ้นศาลพระ หรือดีไม่ดีอาจจะถูกนำตัวไปเข้าหลักประหารอย่างใดอย่างหนึ่ง ดังนั้น เขาจึงได้หลบหนีออกจากเมืองอากัง ก่อนที่เจ้าหน้าที่ของฝ่ายศาสนจักรจะเดินทางไปถึง เที่ยวหลบ ๆ ซ่อน ๆ เพื่อให้พ้นภัยจากฝ่ายศาสนจักรอยู่เป็นเวลานานถึง 6 ปีเต็ม

            นอสตราดามุสไม่ยอมแต่งงานใหม่ และครองตนเป็นพ่อหม้ายอยู่จนกระทั่งปี ค.ศ. 1547 จึงได้ตกลงปลงใจแต่งงานกับแม่หม้ายทรงเครื่องคนหนึ่งที่เมืองซาลอง อัง โปรวองซ์

            นอสตราดามุสมีลูกกับแม่หม้ายคนนี้ถึง 6 คน มีคนหนึ่งฉลาดเฉียบแหลมได้พ่อชื่อ  ซีซาร์ เดอ นอสเตรอดัม เมื่อผู้พ่อเสียชีวิต ซีซาร์ผู้นี้อายุได้ 9 ปี ที่เรื่องราวของนอสตราดามุสไม่สูญหายไปจากโลก ส่วนหนึ่งก็เพราะซีซาร์นำมาบันทึกไว้ในหนังสือที่เขาเขียนขึ้นชื่อ  Histoire de Provence

            ในช่วงที่นอสตราดามุสยังเป็นพ่อหม้ายหลบหนีการจับกุมของฝ่ายศาสนจักรอยู่นั้น เราไม่ค่อยทราบรายละเอียดเกี่ยวกับเส้นทางการเดินทางของเขามากนัก ที่เห็นมีอยู่บ้างก็แต่ในหนังสือที่เขาเขียนขึ้นในเวลาต่อมาชื่อ Moultes Opuscules  ซึ่งระบุว่าได้ไปที่เมืองลอร์เร็น เมืองเวนิช  และเมืองซิซิลี เขาไปในประเทศอิตาลีเพื่อรวบรวมข้อมูลที่จะนำมาใช้เขียนหนังสือเกี่ยวกับทฤษฎีทางการแพทย์ และสูตรยารักษาโรคต่าง ๆ รวมทั้งเพื่อไปพบปะกับนักโหราศาสตร์ นักเล่นแร่แปรธาตุ และเกจิอาจารย์ทางไสยศาสตร์คนสำคัญ ๆ ที่อยู่ในเมืองต่าง ๆ เหล่านั้น

            ในช่วงเดียวกันนี้ นอสตราดามุสได้แปลหนังสือเล่มหนึ่งชื่อ        Horus Apollo   ของ ฟิลิปปุส  จากภาษากรีกเป็นภาษาฝรั่งเศส  เป็นหนังสือประมวล   ความรู้ทางด้าน

จริยศาสตร์และปรัชญาธรรมดาๆ ซึ่งไม่ดีเด่นเป็นที่น่าสนใจของบรรดานักอักษรศาสตร์ในยุคหลังมากนัก