หลังจากที่ได้ออกตระเวนไปอยู่ตามเมืองต่าง ๆ ในประเทศฝรั่งเศส นานถึง 4 ปีแล้ว นอสตราดามุสได้หวนกลับไปที่เมืองมองต์เปลิเยอีกครั้งหนึ่ง    เขากลับไปคราวนี้ก็เพื่อที่จะศึกษาต่อในระดับปริญญาเอกในมหาวิทยาลัยเดิมที่เขาสำเร็จปริญญาตรีมานั่นเอง

            ผู้อ่านอาจจะสงสัยว่า ทำไมนอสตราดามุสถึงไม่เรียนปริญญาโทก่อนแล้วจึงค่อยเรียนปริญญาเอกในภายหลัง การที่นอสตราดามุสก้าวกระโดดไปเรียนปริญญาเอกได้เลยนี้ อาจจะเป็นเพราะว่าหลักสูตรการศึกษาในมหาวิทยาลัยมองต์เปลิเยกำหนดให้ผู้จบปริญญาตรีสามารถเรียนต่อปริญญาเอกได้เลย ไม่ต้องผ่านปริญญาโท ในกรณีที่นักศึกษาผู้นั้นมีผลการเรียนดีเยี่ยมในระดับปริญญาตรีมาแล้ว ซึ่งปัจจุบันบางมหาวิทยาลัยทั้งในยุโรปและอเมริกา หรือแม้แต่ในเมืองไทยของเราก็ถือแนวปฏิบัติเช่นเดียวกันนี้ นอสตราดามุสเริ่มลงทะเบียนเป็นนักศึกษาปริญญาเอก เมื่อวันที่ 23 ตุลาคม ค.ศ. 1529 การสอบในระดับปริญญาเอกของมหาวิทยาลัยมองต์เปลิเย ในสมัยนั้น  ใครที่สามารถผ่านได้ก็ถือว่า ต้องยอดเยี่ยมจริง ๆ นักศึกษาต้องเตรียมศึกษาค้นคว้าวิชาต่าง ๆ  เพื่อให้กรรมการทำการสอบจำนวน 12 วิชา แต่ในเวลาสอบจริง ๆ จะเลือกสอบเพียง 6 วิชา ใน 6 วิชานี้  3 วิชาเลือกโดยวิธีจับสลาก  ส่วนอีก 3 วิชา คณบดีคณะแพทยศาสตร์เป็นผู้เลือกให้ด้วยตนเอง

            เมื่อได้ทำการเลือกข้อสอบตามกรรมวิธีดังกล่าวแล้ว นักศึกษาผู้เข้าสอบต้องอภิปรายถกแถลง และตอบข้อซักถามกับบรรดากรรมการสอบจนเป็นที่พอใจของทุกคน

            กล่าวกันว่า เมื่อนอสตราดามุสสอบเพื่อรับปริญญาเอกในครั้งนี้ ได้ถูก กรรมการรุมกินโต๊ะถามอย่างหนัก ทั้งนี้ก็เพราะเหตุที่เขามีแนวการวินิจฉัยและแนวการรักษาโรคผิดแผกแตกต่างไปจากแพทย์คนอื่น ๆ

            นอกจากนั้นที่กรรมการซักนอสตราดามุสหนักกว่านักศึกษาระดับปริญญาเอกคนอื่น ๆ เพราะพวกกรรมการสอบเองไม่ค่อยจะชอบขี้หน้านัก เพราะเขามีชื่อเสียงโด่งดังเป็นที่เคารพยกย่องในหมู่ของประชาชน จนเกินหน้าเกินตาแพทย์คนอื่น ๆ ในสมัยนั้น

            อย่างไรก็ตาม นอสตราดามุสได้แสดงความสามารถออกมาอย่างเด่นชัดว่ามีความรู้ทั้งภาคทฤษฎีและภาคปฏิบัติในด้านการแพทย์เป็นยอดเยี่ยม  จนกระทั่งกรรมการสอบผู้มีอคติไม่สามารถจะหาข้อติใดๆ ได้ ในที่สุด นอสตราดามุสก็ได้รับปริญญาเอก  ซึ่งทำให้เขามีศักดิ์และสิทธิ์ที่จะสวมหมวก ทรงสี่เหลี่ยมอย่างที่เราเห็นอยู่ในรูปของเขาที่โบสถ์เมืองซาลอง นอกจากนั้นเขายังได้รับแหวนทองประจำตัวแพทย์อีกวงหนึ่ง กับตำราแพทย์ของฮิปโปเครติสอีกหนึ่งเล่ม ในโอกาสเดียวกันนี้ด้วย